Banca de DEFESA: MARIA ALICE SILVA OLIVEIRA

Uma banca de DEFESA DE MESTRADO foi cadastrada pelo programa.

DISCENTE: MARIA ALICE SILVA OLIVEIRA
DATA: 20/02/2020
HORA: 09:00
LOCAL: Campus Arapiraca
TÍTULO:

Caracterização genômica de sequências repetitivas em espécies diplóides e poliplóides do gênero Stylosanthes Sw

RESUMO:

O genoma nuclear corresponde a maior fração de DNA em eucariotos, e nele estão inseridas as sequências de DNA repetitivo, que podem corresponder em até 90% desse genoma. As sequências repetitivas são grandes aliadas nos estudos evolutivos, ajudando na compreensão da organização e do comportamento evolutivo dos genomas eucarióticos. O advento do sequenciamento de nova geração facilitou a obtenção de uma grande quantidade de sequências e com preços mais acessíveis, possibilitando a descoberta das sequências repetitivas. Dentre as metodologias que surgiram com esse advento está o programa RepeatExplorer, uma ferramenta de alto potencial na descoberta dessas sequências. O gênero Stylosanthes Sw. está inserido na família Leguminosae e apesar de possuir alto valor econômico e ambiental ainda possui uma baixa caracterização genética, devido a ocorrência de espécies híbridas e alta complexidade sistemática. É um gênero diverso e com ampla distribuição, sendo o Brasil o seu principal centro de origem e diversidade. O presente estudo buscou compreender a organização do genoma nuclear de nove espécies do gênero Stylosanthes Sw., incluindo dois complexos alopoliploides de interesse econômico (Complexo S. scabra e Complexo S. capitata), através da análise genômica das sequências repetitivas, buscando caracterizar a abundância dessas sequências e entender as relações filogenômicas entre diploides e alopoliploides. Os reads genômicos das espécies S. hamata, S. viscosa e S. scabra foram obtidos do estudo de Marques et al. (2018), disponíveis no NCBI, e para as demais espécies foi feito o sequenciamento pela GenOne Soluções em Biotecnologia, Rio de Janeiro, Brasil. Os reads das nove espécies foram inseridos no software Geneious, onde foram pareados, convertidos em formato fasta e selecionados. As sequências obtidas foram concatenadas e inseridas no programa RepeatExplorer, sendo caracterizadas individualmente e comparativamente, através da versão RepeatExplorer2 e da ferramenta TAREAN. Foi realizada ainda uma análise filogenética a partir do satelitoma de cada espécie, utilizando o programa AAF. As análises do RepeatExplorer revelaram que as nove espécies de Stylosanthes estudadas possuem mais de 50% do seu genoma formado por sequências repetitivas, sendo a classe de elementos transponíveis da ordem LTR a mais abundante. A abundância de DNA satélite variou entre as espécies, e o agrupamento dos reads em gráficos de leitura revelou boa conservação das sequências, representando baixa diversificação no processo evolutivo. A análise filogenética possibilitou a montagem de uma árvore com relações de parentesco entre as espécies esclarecidas e sustentando estudos anteriores. Diferentemente do que nos mostra a literatura, nosso estudo revelou uma estreita relação entre as espécies S. hamata e S. seabrana, podendo se tratar de sinonímias em processo de especiação. As diferenças encontradas entre os resultados e o que consta na literatura reforça a necessidade de estudos mais aprofundados que revisem a taxonomia e filogenética do grupo, principalmente no âmbito molecular.

PALAVRAS-CHAVE:

DNA repetitivo; Alopoliploidia; Filogenômica; Bioinformática

PÁGINAS: 70
GRANDE ÁREA: Ciências Agrárias
ÁREA: Agronomia
SUBÁREA: Fitotecnia

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 3073207 - ANDRÉ SECO MARQUES DA SILVA
Interno(a) - 2380775 - CICERO CARLOS DE SOUZA ALMEIDA
Externo(a) à Instituição - JAKSON LEITE - UFMA