Sequenciamento e análise evolutiva do genoma mitocondrial de Syagrus coronata (Mart.) Becc. (Arecaceae)
Syagrus coronata (Mart.) Becc. pertence à família Arecaceae, é uma espécie nativa do Brasil que possui importância ecológica, social e econômica, no entanto, estudos genômicos sobre a espécie ainda são escassos. A espécie está distribuída na Caatinga (bioma da floresta tropical sazonalmente seca) e Mata Atlântica (bioma da floresta tropical), se adapta à solos férteis e profundos, até mesmo em solos pedregosos e áreas de afloramento rochosos, mas não se adapta aos solos encharcados ou permanentemente úmidos. Até o momento, foram sequenciados os genomas mitocondriais de apenas duas espécies da família Arecaceae, Cocos nucifera L. e Phoenix dactylifera L. Estudos de caracterização genômica na família tem potencial de fornecer importantes informações para a compreensão da origem e evolução das espécies. Nessa perspectiva, objetivou-se sequenciar o genoma mitocondrial de S. coronata usando dados single-end reads, paired-end reads e mate-pair reads. A sequência completa circular do genoma mitocondrial de S. coronata foi obtido através de uma combinação de métodos de montagem de novo e extensão de contigs, usando leituras paired-end reads e mate-pair reads. O genoma mitocondrial de S. coronata apresenta 642,817 pb de comprimento, com um total de 73 genes. As comparações realizadas entre os genomas mitocondriais de S. coronata, C. nucifera e P. dactylifera mostraram muitos rearranjos que foram mediados por DNA repetitivo e incorporação de DNA a partir do cloroplasto. Em resumo, demonstramos que: (1) primeiro genoma completo do gênero Syagrus; (2) ausência de sintenia entre os genomas de S.coronata e C. nucifera mostrou muitos rearranjos; (3) ocorreu incorporação de parte do genoma de cloroplasto no genoma mitocondrial; (4) o tamanho do genoma mitocondrial de S. coronata é devido aos espaçadores intergênicos. A análise comparativa entre os genomas da família Arecaceae mostrou que a evolução dos genomas seguem os padrões apresentados em outras famílias já estudadas.
Mitogenoma. Evolução. Syagrus.