Os Arbovírus são vírus transmitidos por artrópodes hematófagos, como mosquitos, moscas e
carrapatos, e parte de seu ciclo replicativo ocorre nesses vetores. A chikungunya é uma
arbovirose artritogênica, caracterizada por poliartralgia intensa e duradoura, sendo
classificada pela OMS como uma doença tropical negligenciada (DTN). Em 2023 um grupo
de pesquisadores de 54 países assinaram uma carta publicada no periódico científico Lancet
Global Health, defendendo a ampliação e estruturação de uma vigilância genômica global das
arboviroses. O vírus Chikungunya (CHIKV), um Alphavirus da família togaviridae, possui
três linhagem distintas África Oriental/Central/Sul (ECSA), África Ocidental e Asiática, e é
transmitido por fêmeas de mosquitos do gênero Aedes. Após surtos restritos à África e Ásia
desde 1952 até os anos 80, e um período de latência até 2004, o CHIKV reemergiu no Quênia
em 2004 e causou um surto na Europa em 2007, associado a uma mutação que facilitou sua
transmissão por Aedes albopictus. Introduzido nas Américas em 2013, chegou ao brasil em
2014, com registros iniciais no Amapá e Bahia, e desde então tem causado surtos recorrentes
em diversas regiões do país. O estado de Alagoas, situado no nordeste brasileiro, registrou os
primeiros casos de CHIKV no ano de 2015, com um surto de grande magnitude em 2016. No
ano de 2022 a sua capital, Maceió chegou a figurar como o município com maior número de
casos relatados de CHIKV. Apesar da ocorrência de diversos surtos epidêmicos no estado, os
dados genômicos e epidemiológicos disponíveis do CHIKV em Alagoas ainda são escassos.
Neste contexto, este estudo sequenciou 68 amostras de CHIKV coletadas em Alagoas nos
anos de 2016, 2022, e 2004. A análise filogenética dessas sequências confirmou a presença de
ECSA no estado de Alagoas e revelou a ocorrência de quatro clusters distintos,
filogeneticamente relacionados com cepas de CHIKV previamente detectadas em estados
fronteiriços, e em outras regiões do Brasil. Foram identificadas 172 mutações, das quais três
associadas a repercussões na transmissibilidade e patogenicidade do CHIKV, o que pode
contribuir para explicar as diferentes magnitudes das ondas epidêmicas nos períodos
avaliados. Além disso onze mutações não sinônimas com repercussões biológicas ainda a ser
esclarecidas. Este trabalho contribui para o fortalecimento da vigilância genômica do CHIKV,
gerando dados que poderão subsidiar futuros estudos e ações de saúde pública.