Banca de QUALIFICAÇÃO: GIANCARLO DE BRITO LYRA SANTOS

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : GIANCARLO DE BRITO LYRA SANTOS
DATA : 09/05/2022
HORA: 14:00
LOCAL: CECA - online
TÍTULO:

Diagnóstico e descoberta via sequenciamento Illumina de badnavírus associados com cará-moela (Dioscorea bulbifera L.) no Brasil.

PALAVRAS-CHAVES:

Inhame, pararetrovírus, Caulimoviridae

PÁGINAS: 44
RESUMO:

Dioscorea bulbifera L., popularmente conhecida como cará-moela, é uma cultura pertencente à família Dioscoreaceae, e tem despertado interesse devido à sua relevância socioeconômica para pequenos agricultores no Brasil. Apesar de sua resistência natural a doenças, o cará-moela é afetado por pararetrovírus do gênero Badnavirus (família Caulimoviridae). Os badnavírus possuem genomas de DNA fita dupla, semicirculares, com 7,4 a 9,0 kb, encapsidados em partículas baciliformes não envelopadas e são transmitidos principalmente por cochonilhas (Pseudococcidae). Para caracterizar molecularmente a diversidade de espécies e genomas completos de badnavírus associados a D. bulbifera no Brasil, amostras (n=60) foram coletadas em diferentes regiões produtoras. Sequências parciais (~530 pb) dos domínios da transcriptase reversa (RT) e ribonuclease H (RNase H) foram amplificadas via PCR e sequenciadas a partir de 26 amostras positivas, enquanto sequências virais completas foram recuperadas de três amostras representativas. As sequências parciais da RT-RNase H foram identificadas como pertencentes aos badnavírus Dioscorea bacilliform AL virus, Dioscorea bacilliform SN virus e Dioscorea bacilliform TR virus, e ao endógeno de Dioscorea rotundata eDBV12. Uma possível espécie nova, provisoriamente denominada Dioscorea bacilliform SN vírus, foi parcialmente caracterizada, compartilhando maior identidade de nucleotídeos com eDBV12, em 73,4-79,9%. A árvore filogenética baseada em sequências parciais da RT-RNase H mostrou que as novas sequências foram agrupadas em três clados diferentes, com a nova espécie sendo mais próxima de eDBV12. Finalmente, três genomas de badnavírus baseados em sequenciamento Illumina foram montados a partir de 2.240 a 30.668 reads com cobertura de 74 a 963 vezes. Os novos genomas variaram de 7.208 a 7.420 pb em tamanho e exibiram organização genômica típica de badnavírus com pelo menos três open reading frames (ORFs 1-3). As sequências completas da RT-RNase H (~1.230 pb) dos novos genomas virais foram mais intimamente relacionadas ao Dioscorea bacilliform AL virus (n=1) e Dioscorea bacilliform SN virus (n=2), com 85,1-86,6 e 82,2- 83,9% de identidade nucleotídica, respectivamente. Esses resultados reforçam a alta diversidade de espécies de badnavírus associadas a Dioscorea spp. e constituem o primeiro relato de dioscorea bacilliform TR virus (DBTRV) em D. bulbifera. Além disso, essas são as primeiras sequências genômicas completas de badnavírus infectando cará-moela no Brasil.

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 1369412 - GAUS SILVESTRE DE ANDRADE LIMA
Interno - 1302950 - KARLOS ANTONIO LISBOA RIBEIRO JUNIOR
Externa ao Programa - 2149632 - SARAH JACQUELINE CAVALCANTI DA SILVA
Externo à Instituição - JOÃO GOMES DA COSTA - EMBRAPA
Externa à Instituição - MAYRA MACHADO DE MEDEIROS FERRO