Banca de QUALIFICAÇÃO: GENILDA CASTRO DE OMENA NETA

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : GENILDA CASTRO DE OMENA NETA
DATA : 12/12/2022
HORA: 14:00
LOCAL: por videoconferência
TÍTULO:

PREDIÇÃO IN SILICO DE CANDIDATOS VACINAIS MULTI-EPÍTOPOS ANTIGÊNICOS TUMORAIS PARA OS SUBTIPOS DO CÂNCER DE MAMA NÃO LUMINAIS (HER2 E BASAL)

PALAVRAS-CHAVES:

câncer de mama; imunoinformática; predição de epítopos; vacina de peptídeos.

PÁGINAS: 119
RESUMO:

O câncer de mama . considerada a principal neoplasia maligna que acomete mulheres no Brasil e no Mundo. Os subtipos moleculares são categorizados em luminais e não luminais. Os não luminais apresentam um prognóstico não favorável, alta taxa de recorrência e poucas possibilidades de tratamento, e as disponíveis não aumentam significativamente a sobrevida dos pacientes. Por isso, a necessidade da prospecção de novas estratégias de tratamento mais efetivas e especificas para os subtipos não luminais. O objetivo proposto nesse trabalho é a predição in silico de candidatos vacinais multi-epítopos antigênicos tumorais para os subtipos não luminais. A escolha dos alvos para desenvolvimento das vacinas multi-epítopo foi realizada a partir da análise de 170 amostras de expressão de RNA de pacientes com câncer de mama do tipo carcinoma ductal invasivo e subtipos não luminais (HER2 e basal) e 80 amostras de tecido mamário normal disponível para download em bancos públicos. Nesses dados foram obtidos os genes mais diferencialmente expressos utilizando o pacote limma e considerando p<0.05 e |logFC| >1 para cada subtipo. Esses genes foram comparadas entre si utilizado o diagrama de Venn. As vias enriquecidas dos genes exclusivos para cada subtipo foram avaliadas no KEGG e Reactome. Além disso, a interação das prote.nas dos transcritos diferencialmente expressos e a localização subcelular na membrana celular foram avaliadas no software Cytoscape 3.9.1 pelo pluging do STRING. As sequências de aminoácidos das proteínas-alvo selecionadas, no formato FASTA canônica, foram obtidas pelo banco de dados UniProt. Cada sequência foi avaliada quanto a sua antigenicidade tumoral pelo servidor Vaxijen v.2.0. Em seguida ser. realizada a predição dos epítopos lineares dos linfócitos B, que estimulam a resposta humoral, pelo servidor ABCpred. Nos epítopos da classe I e da classe II dos linfócitos T, que desencadeiam a resposta celular, as análises serão pelo servidor do IEDB. Todos os epítopos selecionados serão avaliados quanto a antigenicidade, alergenicidade, imunogenicidade e toxicidade por servidores. Também serão modelados e avaliados quanto a afinidade com alelos validados experimentalmente por softwares. Com todos os epítopos selecionados ser. realizada a estimativa de cobertura populacional dos epítopos de MHC classe I e II pelos servidores do IEDB. Após ser. realizada a predição dos epítopos que estimulam a produção de citocinas de interferon-gama pelo software IFN epitope. A construção da vacina multi-epítopo envolver é o uso de diversas ferramentas que possibilitaram modificações estruturais para aumentar a imunogenicidade, avaliação da reatividade cruzada, avaliação das propriedades físico-químicas, alergenicidade, antigenicidade e toxicidade, predição da estrutura secundária e terciária, refinamento e validação, avaliação da imunogenicidade e afinidade de ligação com os receptores. Além disso, ser. realizada a otimização da clonagem in silico da vacina multi-epítopo para garantir a expressão in vivo. Nessa etapa do estudo foram identificadas as proteínas PPP4C e PAK4 no subtipo Her2, e ENO1 e SEPHS1 no subtipo Basal como alvos potenciais para a predição de epítopos que comporão as vacinas multi-epítopos. Esses genes apresentam vias associadas a eventos importantes no processo de desenvolvimento tumoral, assim como, interação com outras proteínas que exercem papel de regulação. É esperado encontrar a partir de todas analises realizadas candidatos vacinais multi-epítopos antigênicos tumorais promissores para o tratamento imunoterápico dos subtipos não luminais.

MEMBROS DA BANCA:
Externo(a) à Instituição - HENRY DAVID MOGOLLÓN GARCÍA
Externo(a) à Instituição - MAURO CAFUNDÓ DE MORAIS
Presidente - 2361727 - CARLOS ALBERTO DE CARVALHO FRAGA
Interno(a) - 1612086 - ENIO JOSE BASSI
Interno(a) - 2089586 - FRANCIS SOARES GOMES