Dissertações/Teses

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2024
Teses
1
  • GENILDA CASTRO DE OMENA NETA
  • PREDIÇÃO IN SILICO DE CANDIDATO VACINAL MULTI-EPÍTOPO ANTIGÊNICO TUMORAL PARA O ANTÍGENO TESTICULAR DE CÂNCER - TFDP3

     
     
  • Orientador : CARLOS ALBERTO DE CARVALHO FRAGA
  • MEMBROS DA BANCA :
  • AMANDA KARINE BARROS FERREIRA RODRIGUES
  • BRUNA DEL VECHIO KOIKE
  • CARLOS ALBERTO DE CARVALHO FRAGA
  • FRANCIS SOARES GOMES
  • JUSSARA ALMEIDA DE OLIVEIRA BAGGIO
  • Data: 19/02/2024

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  • O aumento na incidência e mortalidade de câncer no mundo tem demonstrado a necessidade de investimentos em terapias antitumorais mais efetivas. Diante da complexidade dos mecanismos que levam a resistência aos tratamentos antitumorais, as terapias alvos são abordagens promissoras. Sob esse aspecto, os antígenos testiculares de câncer (CTAs) são alvos interessantes de serem explorados, pois não são expressos em células normais e expressos em células tumorais, como é o caso do TFDP3 que foi utilizado nesse estudo para o desenvolvimento de uma vacina multi-epítopo. O objetivo proposto nesse trabalho é a predição in silico de um candidato vacinal multi-epítopo antigênicos tumoral a partir do antígeno testicular de câncer TFDP3. A triagem dos epítopos foi realizada utilizando ferramentas de imunoinformática no qual foram preditos os epítopos antigênicos que interagem com os linfócitos B, linfócitos T CD4+ e linfócitos T CD8+. Em seguida, foi avaliado a cobertura populacional dos epítopos dos linfócitos T CD4+ e linfócitos T CD8+. A partir dos epítopos dos linfócitos B, linfócitos T CD4+ e linfócitos T CD8+ foram selecionados 3 epítopos de cada um deles para compor a vacina multi-epítopo baseado nos critérios de interação, antigenicidade, alergenicidade, toxicidade, indução de IFN-γ e cobertura populacional. A vacina foi constituída além dos epítopos por um adjuvante e ligantes que garantiram algumas propriedades dos epítopos, o processamento deles na biosíntese do MHC de classe I e modificações pós-traducionais. A avaliação da vacina quanto a homologia em relação a outras proteínas foi avaliada pelo servidor NCBI BLASTp. A partir disso, foram avaliadas os parâmetros físico-químicos, antigenicidade, alergenicidade e toxicidade. Através de servidores que utilizam redes neurais foi determinado a estrutura secundária e a estrutura terciária assim como os parâmetros de qualidade associados à estrutura. Na estrutura terciária foram determinados os epítopos lineares e descontínuos dos linfócitos B pelo servidor IEDB. A partir daí, foi avaliada a interação por ancoragem molecular dos receptores semelhantes a Toll (TLR-2 e TLR3) e a dinâmica molecular para avaliar a estabilidade da vacina multi-epítopo num sistema biológico. Por fim, foi avaliado in silico a viabilidade de clonagem da vacina multi-epítopo e sua resposta imune mediante 3 administrações. Foram identificados epítopos que interagem com os linfócitos B, linfócitos T CD4+ e linfócitos T CD8+ antigênicos, não alergênicos e não tóxicos. Em relação aos linfócitos T CD4+ 4 epítopos além de serem antigênicos, não alergênicos e não tóxico, são possíveis indutores de IFN-γ. Já em relação a cobertura populacional os linfócitos T CD4+ e linfócitos T CD8+ conseguiram ter uma cobertura de 93,55% no Mundo. A vacina multi-epítopo têm parâmetros físico-químicos favoráveis biologicamente, baixa homologia com proteínas humanas, conformação secundária e terciária compatível com estruturas de proteínas nativas. Também possui interações com os TLR-2 e TLR-3, sendo o TLR-3 a interação que num sistema biológico garante mais estabilidade da vacina multi-epítopo. Além disso, análises in silico demonstraram que a vacina multi-epítopo pode ser clonada e desenvolver reposta imune quando submetida 3 administrações. Portanto, a vacina multi-epítopo desenhada a partir do antígeno testicular de câncer TFDP3 apresentou in silico diversas propriedades e respostas biológicas promissoras para que seja investido estudos in vitro e in vivo e a aplicação no futuro dessa vacina no tratamento dos tipos de câncer que expressam esse CTA.


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  • Breast cancer. considered the main malignant neoplasm that affects women in the Brazil and in the World. Molecular subtypes are categorized into luminal and non-luminal. Non-luminal tumors have an unfavorable prognosis, high recurrence rate and few treatment possibilities, and those available do not significantly increase patient survival. Therefore, the need to prospect new, more effective and specific treatment strategies for non-luminal subtypes. The objective proposed in this work is the in silico prediction of tumor antigenic multi-epitope vaccine candidates for non-luminal subtypes. The choice of targets for the development of multi-epitope vaccines was performed based on the analysis of 170 RNA expression samples from patients with breast cancer of the invasive ductal carcinoma type and non-luminal subtypes (HER2 and basal) and 80 samples of breast tissue standard available for download in public banks. In these data, the most differentially expressed genes were obtained using the limma package and considering p<0.05 and |logFC| >1 for each subtype. These genes were compared to each other using the Venn diagram. The enriched pathways of genes unique to each subtype were evaluated in KEGG and Reactome. In addition, the protein interaction of the differentially expressed transcripts and the subcellular localization in the cell membrane were evaluated in the Cytoscape 3.9.1 software by STRING plugging. Amino acid sequences of selected target proteins, in canonical FASTA format, were obtained from the UniProt database. Each sequence was evaluated for its tumor antigenicity by the Vaxijen server v.2.0. Then be. The prediction of the linear epitopes of the B lymphocytes, which stimulate the humoral response, was carried out by the ABCpred server. In the epitopes of class I and class II of T lymphocytes, which trigger the cellular response, the analyzes will be performed by the IEDB server. All selected epitopes will be evaluated for antigenicity, allergenicity, immunogenicity and toxicity by servers. They will also be modeled and evaluated for affinity with experimentally validated software alleles. With all epitopes selected be. The estimate of population coverage of MHC class I and II epitopes was performed by the IEDB servers. After being. The prediction of the epitopes that stimulate the production of interferon-gamma cytokines was performed by the IFN epitope software. The construction of the multi-epitope vaccine involved the use of several tools that enabled structural modifications to increase immunogenicity, evaluation of cross-reactivity, evaluation of physicochemical properties, allergenicity, antigenicity and toxicity, prediction of secondary and tertiary structure, refinement and validation, assessment of immunogenicity and receptor binding affinity. Also, be. Optimization of in silico cloning of the multi-epitope vaccine was performed to ensure in vivo expression. At this stage of the study, proteins PPP4C and PAK4 in the Her2 subtype, and ENO1 and SEPHS1 in the Basal subtype, were identified as potential targets for predicting the epitopes that will compose multi-epitope vaccines. These genes present pathways associated with important events in the tumor development process, as well as interaction with other proteins that play a regulatory role. It is expected to find, from all analyzes carried out, promising tumor antigenic multi-epitope vaccine candidates for the immunotherapeutic treatment of non-luminal subtypes.

2
  • STELLA FREITAS DE QUEIROZ
  • PURIFICAÇÃO, CARACTERIZAÇÃO E AVALIAÇÃO DA ATIVIDADE ANTIMICROBIANA DA LECTINA TERMOESTÁVEL DE CASCAS DE Abarema cochliacarpos (GOMES 1803) BARNEBY & GRIMES 1996

  • Orientador : FRANCIS SOARES GOMES
  • MEMBROS DA BANCA :
  • EDMA CARVALHO DE MIRANDA
  • ENIO JOSE BASSI
  • FRANCIS SOARES GOMES
  • HUGO JUAREZ VIEIRA PEREIRA
  • POLLYANNA MICHELLE DA SILVA
  • Data: 22/03/2024

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  • Diversas plantas são utilizadas pelo homem para o uso terapêutico e propagadas ao longo das gerações. Atualmente há um crescimento em pesquisas buscando identificar e isolar substâncias ativas presentes nesses organismos visando a identificação de novos fármacos. A produção dos princípios ativos desses organismos está relacionada ao seu mecanismo de defesa contra agentes externos. Essas substâncias são normalmente classificadas em metabólitos primários e secundários. As lectinas são proteínas do metabolismo primário que podem assumir diversos papéis biológicos, incluindo atividades antibacteriana, antifúngica, anti-inflamatória, antitumoral e cicatrizante. Essas atividades estão relacionadas à capacidade que as lectinas têm de se ligarem a carboidratos presentes na superfície celular de organismos alvos, impedindo o seu desenvolvimento e/ou induzindo uma resposta celular. Abarema cochliacarpos (Gomes) Barneby & Grimes, popularmente conhecida como barbatimão, é uma planta utilizada na medicina popular para tratar úlceras, feridas, infecções na pele, gastrite, dentre outras. Este estudo tem como objetivo purificar, caracterizar e avaliar a atividade antimicrobiana da lectina de cascas de A. cochliacarpos. O extrato foi preparado, filtrado em carvão ativado e uma alíquota desse filtrado foi aplicada em coluna cromatográfica de quitina. As proteínas de interesse foram eluídas com ácido acético 1M. Em seguida, a amostra foi dialisada para remover a solução de eluição e sua atividade hemaglutinante (512) foi avaliada. Foi possível confirmar a purificação da lectina, denominada de AcBL (lectina de cascas de A. cochliacarpos), através de eletroforese SDS-PAGE em condições não redutoras; o gel mostrou a presença de uma banda proteica representando uma massa molecular de 51 kDa. A dosagem de proteínas foi feita em todas as etapas da purificação, bem como foram realizados os testes de caracterização. AcBL foi inibida por caseína, apresentou termoestabilidade em ampla faixa de temperatura, demonstrou ser uma proteína com caráter ácido-neutro e teve sua atividade reduzida na presença de EDTA, íons cálcio e magnésio. AcBL apresentou atividade antibacteriana frente a A. baumannii, E. faecalis, E. coli, K. pneumoniae, S. enteritidis e S. pyogenes, exibiu atividade antifúngica frente a C. neoformans e C. gattii e foi capaz de inibir o biofilme formado por C. neoformans. Dessa forma, a lectina da casca do barbatimão pode ser aplicada como alternativa no tratamento de doenças causadas por microrganismos patogênicos. O desenvolvimento deste trabalho contribui para o isolamento de novas proteínas antimicrobianas, apresentando relevância regional ao investigar lectinas de uma planta medicinal do Nordeste brasileiro, podendo representar um novo biomaterial com elevado potencial biotecnológico.


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  • Several plants are used by man for therapeutic use and propagated over generations. Currently there is a growth in research seeking to identify and isolate active substances present in these organisms in order to identify new drugs. The production of the active principles of these organisms is related to their defense mechanism against external agents. These substances are normally classified into primary and secondary metabolites. Lectins are proteins of primary metabolism that can assume several biological roles, including antibacterial, antifungal, anti-inflammatory, antitumor and healing activities. These activities are related to the ability of lectins to bind to carbohydrates present on the cell surface of target organisms, preventing their development and/or inducing a cellular response. Abarema cochliacarpos (Gomes) Barneby & Grimes, popularly known as barbatimão, is a plant used in folk medicine to treat ulcers, wounds, skin infections, gastritis, among others. This study aims to purify, characterize and evaluate the antimicrobial activity of the bark lectin of A. cochliacarpos. The extract was prepared, filtered over activated charcoal and an aliquot of this filtrate was applied to a chitin chromatographic column. Proteins of interest were eluted with 1M acetic acid. Then, the sample was dialyzed to remove the elution solution and its hemagglutinating activity (512) was evaluated. It was possible to confirm the purification of the lectin, called AcBL (lectin from the bark of A. cochliacarpos), through SDS-PAGE electrophoresis under non-reducing conditions; the gel showed the presence of a protein band representing a molecular mass of 51 kDa. Protein dosage was performed at all stages of purification, as well as characterization tests. AcBL was inhibited by casein, showed thermostability in a wide temperature range, proved to be an acid-neutral protein and had its activity reduced in the presence of EDTA, calcium and magnesium ions. AcBL showed antibacterial activity against A. baumannii, E. faecalis, E. coli, K. pneumoniae, S. enteritidis and S. pyogenes, exhibited antifungal activity against C. neoformans and C. gattii and was able to inhibit the biofilm formed by C. neoformans. In this way, the barbatimão bark lectin can be applied as an alternative in the treatment of diseases caused by pathogenic microorganisms. The development of this work contributes to the isolation of new antimicrobial proteins, with regional relevance when investigating lectins from a medicinal plant in Northeast Brazil, which may represent a new biomaterial with high biotechnological potential.

2023
Dissertações
1
  • JÚLIO RICARDO MACEDO SILVA
  • BIOPROSPECÇÃO DE LEVEDURAS PRODUTORAS DE BIOSSURFACTANTES ISOLADAS DE SEDIMENTOS DE MANGUEZAIS DA APA COSTA DOS CORAIS, ALAGOAS, BRASIL

  • Orientador : MELISSA FONTES LANDELL
  • MEMBROS DA BANCA :
  • MELISSA FONTES LANDELL
  • FRANCIS SOARES GOMES
  • HUGO JUAREZ VIEIRA PEREIRA
  • FATIMA MENEZES BENTO
  • Data: 24/02/2023

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  • Ecossistemas de alta diversidade como os manguezais são promissores à bioprospecção de moléculas de interesse biotecnológico. Biossurfactantes são moléculas tensoativas, com baixa toxicidade, capaz de reduzir a tensão superficial, podendo tolerar diferentes temperatura, salinidade ou pH. Entretanto, a bioprospecção de leveduras em manguezais para a obtenção de biossurfactantes ainda é incipiente no Brasil. Nesse estudo, leveduras de sedimentos de manguezais do litoral de Alagoas (rios Santo Antônio e Tatuamunha) foram avaliadas quanto ao potencial de produção de biossurfactantes/bioemulsificantes. Nesse sentido, as leveduras foram submetidas a triagem na literatura para a identificação de espécies ainda não descritas para a produção de biossurfactante. Em seguida, 39 isolados de espécies não reportadas foram submetidas ao teste de emulsão IE24%, onde 6 linhagens de P. pseudolambica com os maiores IE24% foram selecionadas. A avaliação consistiu na determinação da tensão superficial, teste Parafilm® M, ensaio de deslocamento de óleo e colapso da gota. Foi analisado o IE24% a partir de cultivos de P. pseudolambica em caldo YEPD com óleo de soja. Também foram avaliados os efeitos de diferentes faixas de temperaturas, salinidades e pH sob os biossurfactantes/emulsificantes, assim como a capacidade de emulsificação em diferentes hidrocarbonetos. Além disso, avaliou-se a produção de lipases, e, posteriormente, foram caracterizados os grupos funcionais de amostras da biomassa celular, via Espectroscopia vibracional de infravermelho médio com transformada de Fourier (FTIR). As linhagens de P. pseudolambica demonstraram capacidade de reduzir a tensão superficial da água entre 36.69 mN/m a 42.47 mN/m, tolerância a condições de pH ácidos, emulsões variando entre 51% e 63%, e resistência a altas temperaturas (90, 100, 110, 120 e 150 ºC). Os cultivos celulares apresentaram capacidade de emulsionar diferentes hidrocarbonetos e atividade de lipase. A análise espectroscópica (FTIR) das amostras de biomassa celular revelou a existência de diversos grupos funcionais típicos de uma estrutura complexa de natureza de carboidrato e lipídio. Portanto, essas descobertas inéditas contribuem à compreensão do potencial de produção de biossurfactantes/bioemulsificantes e lipases de P. pseudolambica oriunda de manguezais da região Nordeste do Brasil, ainda não relatado na literatura, revelando uma eventual possibilidade de uso biotecnológico a ser melhor explorado.


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  • Ecossistemas de alta diversidade como os manguezais são promissores à bioprospecção de moléculas de interesse biotecnológico. Biossurfactantes são moléculas tensoativas, com baixa toxicidade, capaz de reduzir a tensão superficial, podendo tolerar diferentes temperatura, salinidade ou pH. Entretanto, a bioprospecção de leveduras em manguezais para a obtenção de biossurfactantes ainda é incipiente no Brasil. Nesse estudo, leveduras de sedimentos de manguezais do litoral de Alagoas (rios Santo Antônio e Tatuamunha) foram avaliadas quanto ao potencial de produção de biossurfactantes/bioemulsificantes. Nesse sentido, as leveduras foram submetidas a triagem na literatura para a identificação de espécies ainda não descritas para a produção de biossurfactante. Em seguida, 39 isolados de espécies não reportadas foram submetidas ao teste de emulsão IE24%, onde 6 linhagens de P. pseudolambica com os maiores IE24% foram selecionadas. A avaliação consistiu na determinação da tensão superficial, teste Parafilm® M, ensaio de deslocamento de óleo e colapso da gota. Foi analisado o IE24% a partir de cultivos de P. pseudolambica em caldo YEPD com óleo de soja. Também foram avaliados os efeitos de diferentes faixas de temperaturas, salinidades e pH sob os biossurfactantes/emulsificantes, assim como a capacidade de emulsificação em diferentes hidrocarbonetos. Além disso, avaliou-se a produção de lipases, e, posteriormente, foram caracterizados os grupos funcionais de amostras da biomassa celular, via Espectroscopia vibracional de infravermelho médio com transformada de Fourier (FTIR). As linhagens de P. pseudolambica demonstraram capacidade de reduzir a tensão superficial da água entre 36.69 mN/m a 42.47 mN/m, tolerância a condições de pH ácidos, emulsões variando entre 51% e 63%, e resistência a altas temperaturas (90, 100, 110, 120 e 150 ºC). Os cultivos celulares apresentaram capacidade de emulsionar diferentes hidrocarbonetos e atividade de lipase. A análise espectroscópica (FTIR) das amostras de biomassa celular revelou a existência de diversos grupos funcionais típicos de uma estrutura complexa de natureza de carboidrato e lipídio. Portanto, essas descobertas inéditas contribuem à compreensão do potencial de produção de biossurfactantes/bioemulsificantes e lipases de P. pseudolambica oriunda de manguezais da região Nordeste do Brasil, ainda não relatado na literatura, revelando uma eventual possibilidade de uso biotecnológico a ser melhor explorado.

2022
Dissertações
1
  • RODGER MARCEL LIMA ROCHA
  • INVASÃO PERINEURAL NO CARCINOMA EPIDERMÓIDE DE CABEÇA E PESCOÇO: IMPACTO DE GENES RELACIONADOS AO RITMO CIRCADIANO

  • Orientador : CARLOS ALBERTO DE CARVALHO FRAGA
  • MEMBROS DA BANCA :
  • AMANDA KARINE BARROS FERREIRA RODRIGUES
  • CARLOS ALBERTO DE CARVALHO FRAGA
  • CAROLINNE DE SALES MARQUES
  • JUSSARA ALMEIDA DE OLIVEIRA BAGGIO
  • Data: 28/03/2022

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  • Durante os processos de formação e progressão tumoral há o envolvimento da ação de células que criam

    um microambiente favorável para o desenvolvimento do câncer. Dentre os mecanismos que atuam nesses

    eventos, encontram-se alterações de ritmo circadiano e invasão perineural. Ambos os eventos foram

    descritos, separadamente, como atuantes na agressividade tumoral. É importante identificar eventos relacionados

    à alteração do ritmo circadiano que são associados ao câncer que possam impactar diretamente

    na invasão deste tecido no sistema nervoso periférico. Nesse contexto, o objetivo do presente

    estudo foi avaliar a invasão perineural em câncer de cabeça e pescoço, associando a genes relacionados

    ao sistema nervoso periférico e ao ritmo circadiano. Os dados demonstram que as vias de “ritmo circadiano”

    e “orientação axônica” apresentaram-se desreguladas em carcinoma epidermoide de cabeça e

    pescoço com invasão perineural positiva. As análises da expressão diferencial identificaram que os genes

    associados à resposta das células de Schwann em nervos lesados que são regulados positivamente

    ativam a via do “ritmo circadiano”. Foi identificado correlação negativa entre a expressão e a metilação

    dos dos genes PER3 e RORC, quando analisados separadamente em ambos grupos tumorais. As correlações

    positivas entre as expressões de PER2 e RORC, bem como de RORC com os genes MPZ, S100A8

    e NUF2, foram identificadas apenas nos grupos de pacientes que não apresentaram invasão perineural.

    Os genes do ritmo circadiano estão desregulados nos tecidos neoplásicos, estando os oncogenes com a

    expressão aumentada e os supressores de tumor com a expressão diminuída. O aumento da expressão

    da proteína mTOR foi identificada nos pacientes que apresentam invasão perineural. Os dados sugerem

    que a desdiferenciação e proliferação das células de Schwann podem estarem associadas à desregulação

    de genes do ritmo circadiano; consequentemente, as células de Schwann produzem diferentes fatores

    que participarão de diversos processos de progressão tumoral e invasão dos tecidos adjacentes, incluindo

    ativação da via mTOR. Esses processos também podem estar envolvidos na invasão tumoral no tecido

    perineural no câncer de cabeça e pescoço.


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  • During the processes of tumor formation and progression there is the involvement of the action of cells

    that create a favorable microenvironment for cancer development. Among the mechanisms involved in

    these events are circadian rhythm alterations and perineural invasion. Both events have been described,

    separately, as active in tumor aggressiveness. It is important to identify events related to circadian

    rhythm alterations that are associated with cancer that may directly impact the invasion of this tissue

    into the peripheral nervous system. The aim of this study was to evaluate perineural invasion in head

    and neck cancer, associating it with genes related to the peripheral nervous system and circadian rhythm.

    The data showed that the circadian rhythm and axon guidance pathways were deregulated in head and

    neck squamous cell carcinoma with positive perineural invasion. Differential expression analyses identified

    that genes associated with Schwann cell response in injured nerves that are positively regulated

    activate the circadian rhythm pathway. Negative correlation was identified between expression and

    methylation of PER3 and RORC genes when analyzed separately in both tumor groups. Positive correlations

    between expression of PER2 and RORC, as well as of RORC with MPZ, S100A8 and NUF2

    genes were identified only in the groups of patients who did not present perineural invasion. Circadian

    rhythm genes are dysregulated in neoplastic tissues, with increased expression of oncogenes and decreased

    expression of tumor suppressors. Increased expression of mTOR protein was identified in patients

    presenting with perineural invasion. The data suggest that dedifferentiation and proliferation of

    Schwann cells may be associated with downregulation of circadian rhythm genes; consequently,

    Schwann cells produce different factors that participate in various processes of tumor progression and

    invasion of adjacent tissues, including activation of the mTOR pathway. These processes may also be

    involved in tumor invasion into the perineural tissue in head and neck cancer.

2
  • JULIA DE ANDRADE BRANDÃO
  • Avaliação in vitro de alterações biomecânicas, bioquímicas e moleculares de sinoviócitos semelhantes a fibroblastos humanos (HFLS) infectados pelo vírus Chikungunya

  • Orientador : ENIO JOSE BASSI
  • MEMBROS DA BANCA :
  • ABELARDO SILVA JUNIOR
  • CAROLINNE DE SALES MARQUES
  • ENIO JOSE BASSI
  • Data: 30/09/2022

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  • O vírus Chikungunya (CHIKV) é um arbovírus transmitido por mosquitos do gênero Aedes sp., capaz de causar a febre Chikungunya (CHIKF) em sua fase aguda e evoluir para uma Síndrome Reumática Crônica (SRC). Nesta infecção, tem-se o acometimento das articulações sinoviais que apresentam em sua composição os sinoviócitos semelhantes a fibroblastos (FLS). Os FLS, em patologias semelhantes à SRC como a artrite reumatóide (AR), apresentam um perfil agressivo capaz de causar danos teciduais severos no processo inflamatório, processo este que pode ocorrer devido a alterações em propriedades biomecânicas celulares. Diante disso, o presente trabalho objetivou identificar alterações biomecânicas, bioquímicas e moleculares em sinoviócitos semelhantes a fibroblastos humanos (HFLS) após a infecção pelo CHIKV in vitro. Para isso, foi realizada a determinação da MOI por MTT e a confirmação da infecção viral por citometria de fluxo intracelular, RT-PCR e infecção de células Vero E6 com sobrenadante de cultivo de HFLS. Foram avaliadas: alterações morfológicas e o módulo elástico de Young através de microscopia de força atômica (MFA); alterações no citoesqueleto por ensaio de fluorescência com marcação para F-actina; alterações bioquímicas através de espectroscopia Raman; alterações na expressão gênica por RT-qPCR; e quantificação quimiocinas no sobrenadante de cultivo através da metodologia de CBA. Os resultados indicaram que os HFLS foram infectados in vitro, observando-se uma porcentagem de 46,8% de células positivas para o CHIKV após 48h através de citometria de fluxo intracelular, além da identificação do genoma viral no sobrenadante por RT-PCR. A presença de unidades formadoras de placas (PFUs) na monocamada de células Vero E6 infectadas indicou a presença de partículas virais viáveis no sobrenadante dos HFLS. A análise por MFA evidenciou alterações significativas na morfologia celular e as análises de nanoindentação detectaram um aumento de 107,46% no módulo elástico de Young, sugerindo que a infecção pelo CHIKV pode levar a alterações no citoesqueleto. Análise do citoesqueleto por fluorescência indicaram rompimento dos filamentos de F-actina após 12h de infecção. A espectroscopia Raman e a subsequente análise de PCA indicaram uma variância total de 65% entre os HFLS não infectados e os HFLS infectados pelo CHIKV. Além disso, os principais picos alterados estão relacionados a alterações em nucleotídeos, amidas primárias e terciárias, folhas β, lipídeos e colágeno, sendo eles os picos 795, 977, 1031, 1223, 1290, 1444, 1495, 1635, 1660 e 1709 cm-1. A análise de expressão gênica indicou um aumento na expressão dos genes MMP1VEGFA UGDH. Além disso, um aumento significativo de IP-10 e uma diminuição de MCP-1 foram observadas no sobrenadante 48h após a infecção viral. Em resumo, os resultados apresentados no presente trabalho auxiliam na elucidação das alterações celulares e moleculares envolvidas na interação CHIKV-HFLS, contribuindo para o desenvolvimento de novas estratégias terapêuticas para esta arbovirose.


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  • Chikungunya virus (CHIKV) is an arbovirus transmitted by Aedes sp. mosquitoes that causes Chikungunya fever (CHIKF) and could be progress to Rheumatic Chronic Syndrome (RSC). The synovial joints are affected during this infection, and fibroblast- like synoviocytes (FLS) are the major cell type in the composition of synovial tissue. FLS in pathologies such as rheumatoid arthritis (RA), assumes an aggressive profile, causing severe tissue damage in the inflammatory process. This damage can occur due to changes in cellular biomechanical properties. Thus, the aim of this work was to understand biomechanical, biochemical and molecular changes in human fibroblast-like synoviocytes (HFLS) after CHIKV infection in vitro. Determination of the MOI was performed by MTT assay and viral infection was confirmed by flow cytometry, RT-PCR and infection of Vero E6 cells with HFLS supernatant. The following were evaluated: morphological changes and Young`s modulus by atomic force microscopy (AFM); cytoskeleton changes by fluorescence analysis of F-actin labeling; biochemical changes were determined by Raman spectroscopy; relative gene expression analysis by RT-qPCR. Also, the quantification of chemokines was measured in the supernatant using the CBA methodology. As result, HFLS were infected in vitro since 46.8% of the cells were CHIKV-positive after 48h of infection in the intracellular flow cytometry analysis. In addition, viral RNA in the cell supernatant was detected by RT-PCR. The detection of plaque-forming units (PFUs) in the monolayer of infected Vero E6 cells indicated the presence of viable viral particles in the HFLS supernatant. AFM analysis shows significant changes in cell morphology and nanoindentation analysis detected a 107.46% increase in Young's elastic modulus, suggesting alterations in the cytoskeleton. Fluorescence cytoskeleton staining indicated disruption of F-actin filaments after 12h of infection. Raman spectroscopy and PCA analysis show a total variance of 65% between uninfected and CHIKV-infected HFLS. In addition, the major alterations detected were related to nucleotides, amide I, amide III, β-sheets, lipids and collagen, with signatures in 795, 977, 1031, 1223, 1290, 1444, 1495, 1635, 1660 and 1709 cm-1. Relative gene expression shows an increase in the expression of MMP1VEGFA and UGDH. Also, an increase in the IP-10 and a reduction in MCP-1 chemokine levels were detected in the supernatant 48 after viral infection. In summary, the results presented in this work help elucidate the cellular and molecular changes involved in the CHIKV-HFLS interaction, thus contributing to developing new therapeutic strategies for this arbovirus.

3
  • ANA KELLY DA SILVA FERNANDES DUARTE
  • Análise transcriptômica de marcadores cronobiológicos e de células de Schwann associados a progressão do melanoma

  • Orientador : CARLOS ALBERTO DE CARVALHO FRAGA
  • MEMBROS DA BANCA :
  • CARLOS ALBERTO DE CARVALHO FRAGA
  • HENRY DAVID MOGOLLÓN GARCÍA
  • LEONARDO BROETTO
  • Data: 07/12/2022

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  • O melanoma é considerado um dos tipos neoplásicos mais agressivos por apresentar rápida evolução para metástase, embora vários fatores ambientais e genéticos já tenham sido descridos podendo influenciar no desenvolvimento e agravo desse tipo tumoral a desregulação no sistema de temporização circadiana permanece recebendo pouca atenção. A melatonina é o principal hormônio controlador dos genes do relógio biológico, sabe-se que uma eventual mudança na regulação desses genes pode contribuir para o desenvolvimento de várias doenças inclusive o câncer. Neste estudo, foram realizadas análises de bioinformática com dados de tecido de melanoma e câncer de pele do tipo não melanoma a fim de avaliar quais genes relacionados ao relógio biológico podem contribuir para a progressão desse tipo tumoral. Além disso, ensaios de cultura celular foram realizados utilizando a melatonina como tratamento em linhagens celulares de carcinoma cutâneo não melanoma (A431) e no tipo melanoma (B16) visando observar alterações nessas células neoplásicas. Modificações nas expressões gênicas associadas aos genes do relógio, proliferação, migração, invasão e apoptose celular nas células A432 e B16 após o tratamento com a melatonina foram avaliadas. Em resumo, os genes relacionados ao relógio biológico apresentaram expressões alteradas no câncer de pele do tipo melanoma e esses genes foram associados com uma baixa sobrevida de acordo com a análise de bioinformática. Em cultura celular, a administração de melatonina aumentou a expressão dos genes PER2, CRY1 e CRY2 e diminuiu os níveis de expressão do gene CLOCK. Os genes PER2, CRY1 E CRY2 são considerados genes supressores tumorais que podem controlar eventos de importância no contexto tumoral como a proliferação celular, apoptose e controle do sistema de reparo e dano ao DNA. A administração de melatonina mostrou ser capaz de induzir alterações comportamentais nas células do melanoma e influenciar as expressões dos genes MKI67, HIF-1A, VEGFA, COL1A1, CDH1, CASP3, BAX, BCL2, MMP9, PER2, CRY1, CRY2 E CLOCK. A principal causa de mortalidade pelo melanoma é a disseminação metastática e as complicações subsequentes, apesar dos avanços na cirurgia e em outros métodos de tratamento, a taxa de sobrevida de um paciente com melanoma metastático permanece inalterada, apenas 4 anos, tendo em vista os dados aqui relatados, espera-se contribuir com a pesquisa terapêutica visando o tratamento de indivíduos que apresentem essa condição.


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  • Melanoma is considered one of the most aggressive neoplastic types because it presents a rapid progression to metastasis, although several environmental and genetic factors have already been described that may influence the development and aggravate this tumor type, the deregulation in the circadian timing system remaining unattractive. Melatonin is the main hormone controlling the genes of the biological clock, it is known that an eventual change in the regulation of these genes can contribute to the development of several diseases including cancer. In this study, bioinformatics analyzes were performed with tissue data from melanoma and non-melanoma skin cancer in order to assess which genes related to the biological clock may contribute to the progression of this tumor type. In addition, cell culture assays were carried out using melatonin as a treatment in non-melanoma cutaneous carcinoma cell lines (A431) and melanoma-type (B16) observing changes in these neoplastic cells. Changes in gene expression associated with clock, anticipation, migration, invasion and cell apoptosis genes in A432 and B16 cells after melatonin treatment were evaluated. In summary, genes related to the biological clock showed altered expression in melanoma skin cancer and these genes were associated with poor survival, according to the bioinformatics analysis. In cell culture, melatonin administration increased the expression of the PER2, CRY1 and CRY2 genes and experienced CLOCK gene expression levels. The PER2, CRY1 and CRY2 genes are considered tumor suppressor genes that can control events of importance in the tumor context, such as cell anticipation, apoptosis and control of the DNA repair and damage system. Melatonin administration has been shown to be able to induce behavioral changes in melanoma cells and influence the expression of genes MKI67, HIF-1A, VEGFA, COL1A1, CDH1, CASP3, BAX, BCL2, MMP9, PER2, CRY1, CRY2 AND CLOCK. The main cause of mortality from melanoma is metastatic dissemination and subsequent complications, despite advances in surgery and other methods of treatment, the survival rate of a patient with metastatic melanoma remains unchanged, only 4 years, in view of the data reported here, it is expected to contribute to therapeutic research by guiding the treatment of individuals who have this condition.

Teses
1
  • RICARDO BEZERRA COSTA
  • PURIFICAÇÃO, CARACTERIZAÇÃO E AVALIAÇÃO DE ATIVIDADES ANTITUMORAL, ANTIMICROBIANA E SOBRE PARÂMETROS HEMOSTÁTICOS DAS LECTINAS DE Genipa americana L. (JENIPAPO), Rhizophora mangle L. (MANGUE VERMELHO) E DA PRÓPOLIS VERMELHA DE ALAGOAS

  • Orientador : FRANCIS SOARES GOMES
  • MEMBROS DA BANCA :
  • EDMA CARVALHO DE MIRANDA
  • FRANCIS SOARES GOMES
  • LEONARDO BROETTO
  • LUCIANO APARECIDO MEIRELES GRILLO
  • SONIA SALGUEIRO MACHADO
  • Data: 21/10/2022

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  • O uso de macromoléculas obtidas de tecidos vegetais apresenta grande potencial econômico e farmacológico e isso se dá em decorrência da presença dos compostos bioativos. Dentre estes, lectinas veem sendo intensamente exploradas devido as diversas ações biotecnológicas que podem ter, destacando-se as atividades antifúngica, anticoagulante e antitumoral. Desse modo, o presente trabalho teve por objetivo purificar, caracterizar e avaliar a atividade antitumoral, antimicrobiana e sobre parâmetros hemostáticos das lectinas de Genipa americana L. (jenipapo), Rhizophora mangle L. (mangue vermelho) e da própolis vermelha de Alagoas. As lectinas foram isoladas inicialmente através de extração em Tris-Hcl 50mM pH 8.0, para sementes e cascas de G. americana), NaCl 0,15M, para sementes de R. mangle, e NaCl 0,15M com com 30 % de etanol para a própolis vermelha. Em seguida, foram feitos fracionamentos salinos com sulfato de amônio e as frações que apresentaram melhor atividade foram submetidas à cromatografia de exclusão molecular (Sephacryl S-100), para isolamento das lectinas de casca de G. americana (GaBL); cromatografia de exclusão molecular (Sephacryl S-100) seguida de uma trocadora catiônica (DEAE Sepharose) para a lectina de sementes de G. americana (GaSL); ou cromatografia em coluna de quitina para isolar as lectinas de R. mangle e da própolis vermelha. Através de um único passo cromatográfico foi isolada uma lectina (GaBL) e por meio de SDS-PAGE (10%) foi observado que GaBL apresenta uma massa molecular aproximada de 242,5 kDa. No teste citotóxico GaBL não se mostrou tóxica para linhagens celulares de fibroblastos 3T3 em concentrações abaixo de 50μg/mL. O efeito da lectina na coagulação sanguínea foi avaliado através do tempo de tromboplastina parcial ativada (TTPA), tempo de protrombina (TP). GaBL apresentou atividade anticoagulante somente na via intrínseca, onde o TTPA apresentou-se prolongado. A atividade antitumoral avaliada utilizou as linhagens celulares de câncer de pele humano (A431), melanoma (B16) e carcinoma de células escamosas da língua (SCC9). A proliferação celular e a migração celular foram diminuidas em todas as linhagens avaliadas em contato com 10 µg/ml de GaBL diminuiu a invasão de células SCC9. A apoptose foi maior nas células B16 e SCC9 tratadas com lectina. A regulação positiva de GaBL de E-caderina e supressão de Col1A1 em todas as cepas testadas indicou um menor desenvolvimento de câncer. (A lectina de sementes de G. americana, GaSL, teve sua atividade hemaglutinante (AH) inibida fortemente por ramnose, mas não foi afetada por íons divalentes nem por EDTA. GaSL é classificada como uma lectina termoestável, com uma melhor atividade a uma temperatura abaixo de 80 ° C e na faixa de pH 5,0 a 6,0. Frente as atividade antifúngicas, GaSL quando testada com os fungos Candida albicans, Staphylococcus aureus e Cryptococcus neoformans, mostrou-se inibir todas as cepas fungicas em concentrações abaixo de 12,5 μg/mL.  A lectina de sementes de R. mangle é também termoestável, mas, diferente das demais, foi inibida mais intensamente por arabinose e caseína, teve melhor atividade em pH 8,0 e 9,0 e teve sua AH reduzida em presença de íons Mn2+, Mg2+ e Ca2+, não alterada por EDTA e estimulada em presença de Zn2+. A lectina da própolis também foi inibida fortemente por caseína, é termoestável, apresentou melhor AH na faixa de pH 5,0 a 6,0 e foi reduzida em presença de Mn2+, Mg2+, levemente estimulada por Zn2+ e não afetada por EDTA e Ca2+. Frente a atividade antifúngica PVAL se mostrou uma promissora ferramenta biotecnológica, quando testada com os fungos Candida albicans, Staphylococcus aureus e Cryptococcus neoformans.  PVAL nas concentrações 12,5 μg/mL foi capaz de inibir fortemente Candida albicans e Staphylococcus aureus e 25 μg/mL Cryptococcus neoformans.  O efeito de PVAL na coagulação sanguínea foi avaliado através do tempo de tromboplastina parcial ativada (TTPA), tempo de protrombina (TP). Onde PVLA promoveu expressivo prolongamento de TTPA, enquanto que para TP PVAL promoveu forte inibição. Diante Dos dados expostos, podemos destacar que GaBL tem elevado potencial antitumoral contra câncer do trato aero digestivo superior e possue notória atividade homeostática. GaSL e PVAL possui notável atividade antifúngica podendo ser uma promissora ferramenta biotecnológica, tendo esta ultima um importante papel nos processos homeostáticos da coagulação, sendo um forte prolongador da TTPA e inibidor de TP.  E por fim destacamos que todas as lectinas estudadas apresentam características estruturais que favorecem o estudo biotecnológico envolvendo a saúde humana.


  • Mostrar Abstract
  • The use of macromolecules obtained from plant tissues has great economic and pharmacological potential and this is due to the presence of bioactive compounds. Among these, lectins have been intensely explored due to the various biotechnological actions they may have, especially the antifungal, anticoagulant and antitumor activities. Thus, the present work aimed to purify, characterize and evaluate the antitumor, antimicrobial and hemostatic activity of lectins from Genipa americana L. (jenipapo), Rhizophora mangle L. (red mangrove) and red propolis from Alagoas. Lectins were isolated initially by extraction in 50mM Tris-Hcl pH 8.0 for G. americana seeds and bark, 0.15M NaCl for R. mangle seeds and 0.15M NaCl with 30% ethanol for red propolis. Then, salt fractions were made with ammonium sulfate and the fractions that showed better activity were submitted to molecular exclusion chromatography (Sephacryl S-100), for isolation of lectins from G. americana (GaBL); molecular exclusion chromatography (Sephacryl S-100) followed by a cation exchanger (DEAE Sepharose) for the lectin from G. americana seeds (GaSL); or chitin column chromatography to isolate lectins from R. mangle and red propolis. Through a single chromatographic step a lectin (GaBL) was isolated and by SDS-PAGE (10%) it was observed that GaBL has an approximate molecular mass of 242.5 kDa. The effect of lectin on blood clotting was evaluated through activated partial thromboplastin time (APTT), prothrombin time (PT). GaBL showed anticoagulant activity only in the intrinsic pathway, where the APTT was prolonged.

    In the cytotoxic test, GaBL was not toxic to 3T3 fibroblast cell lines at concentrations below 50μg/mL. The antitumor activity evaluated used human skin cancer (A431), melanoma (B16) and tongue squamous cell carcinoma (SCC9) cell lines. Cell proliferation and cell migration were decreased in all cell lines evaluated in contact with 10 µg/ml of GaBL decreased invasion of SCC9 cells. Apoptosis was higher in lectin treated B16 and SCC9 cells. GaBL's positive regulation of E-cadherin and suppression of Col1A1 in all strains tested indicated less cancer development. The lectin from G. americana seeds, GaSL, had its hemagglutinating activity (AH) strongly inhibited by rhamnose, but was not affected by divalent ions or EDTA.  GaSL is classified as a thermostable lectin, with best activity at a temperature below 80°C and in the pH range 5.0 to 6.0. In the face of antifungal activity, GaSL, when tested with the fungi Candida albicans, Staphylococcus aureus and Cryptococcus neoformans, was shown to inhibit all fungal strains at concentrations below 12.5 μg/mL. The lectin from R. mangle seeds is also thermostable, but unlike the others, it was inhibited more strongly by arabinose and casein, had better activity at pH 8.0 and 9.0 and had its AH reduced in the presence of Mn2+, Mg2+ and Ca2+ ions, not altered by EDTA and stimulated in the presence of Zn2+. The lectin from propolis was also strongly inhibited by casein, is thermostable, showed better AH in the pH 5.0 to 6.0 range and was reduced in the presence of Mn2+, Mg2+, slightly stimulated by Zn2+ and not affected by EDTA and Ca2+. In view of the antifungal activity PVAL proved to be a promising biotechnological tool, when tested with the fungi Candida albicans, Staphylococcus aureus and Cryptococcus neoformans. PVAL at concentrations of 12.5 μg/mL was able to strongly inhibit Candida albicans and Staphylococcus aureus and 25 μg/mL Cryptococcus neoformans. The effect of PVAL on blood clotting was evaluated through activated partial thromboplastin time (APTT), prothrombin time (PT). Where PVLA promoted expressive prolongation of APTT, while for TP it promoted strong inhibition. In view of the above data, we can highlight that GaBL has high antitumor potential against cancer of the upper aerodigestive tract and has a notorious homeostatic activity. GaSL and PVAL have remarkable antifungal activity and can be a promising biotechnological tool, the latter having an important role in the homeostatic processes of coagulation, being a strong protractor of APTT and TP inhibitor. Finally, we emphasize that all the lectins studied have structural characteristics that favor the biotechnological study involving human health.

2
  • DÁVIDA MARIA RIBEIRO CARDOSO DOS SANTOS
  • Produção, isolamento, caracterização e aplicação biotecnológica da endoglucanase do fungo filamentoso Pycnosporus sanguineus

  • Orientador : HUGO JUAREZ VIEIRA PEREIRA
  • MEMBROS DA BANCA :
  • FRANCIS SOARES GOMES
  • HUGO JUAREZ VIEIRA PEREIRA
  • LUCIANO APARECIDO MEIRELES GRILLO
  • RUTH RUFINO DO NASCIMENTO
  • SONIA SALGUEIRO MACHADO
  • Data: 12/12/2022

  • Mostrar Resumo
  • O crescimento da população mundial aumentou o investimento na agroindústria e

    consequentemente aumentou a geração de resíduos agroindustriais sua maioria

    lignocelulótico. Alternativas limpas de aproveitamento dos resíduos agroindustriais

    vêm sendo pesquisadas em todo mundo, entre elas está à utilização dos resíduos

    como fonte para crescimento fúngico e produção de enzimas de interesse

    biotecnológico. Os Objetivos deste trabalho foram produzir, isolar, caracterizar e

    aplicar biotecnologicamente a endoglucanase produzida a partir do fungo

    filamentoso Pycnoporus sanguineus. Foram utilizados 5 diferentes resíduos

    agroindustriais (farelo de trigo, bagaço de cana, pó de madeira, fibra de coco e papel

    de filtro) por fermentação em estado sólido (FES). A enzima foi isolada através do

    fracionamento etanólico e cromatografia de troca iônica, o isolamento foi confirmado

    por (SDS-PAGE) em condição redutora e desnaturante. A endoglucanase isolada foi

    caracterizada quanto a temperatura, pH, halotolerância, cinética enzimática e

    aplicada biotecnologicamente através da sacarificação de resíduos agroindustriais. A

    produção de endoglucanase foi maior no farelo de trigo (72 hs). A fração 80-100%

    do fracionamento etanólico concentrou maior atividade enzimática e foi submetido a

    cromatografia de troca iônica (DEAE-Sepharose), a enzima isolada foi eluída em

    uma única fração, como confirmado no SDS-PAGE. A temperatura ótima da

    endoglucanase isolada foi de 50°C e a estabilidade térmica entre 20° a 60°C com

    ate 50% da atividade enzimática, temperaturas compatíveis com de outras

    endoglucanases fúngicas. O pH ótimo foi o pH 5,0, com estabilidade em pH entre o

    pH 4,5 e 8,0, demonstrando uma estabilidade em pH levemente alcalino compatível

    com aplicações biotecnológicas em indústria de detergentes. A enzima isolada

    manteve-se viável com atividade superior a 100% em até 5 M de NaCl, característica

    importante pois alguns processos industriais acontecem na presença de grandes

    quantidades de NaCl. A enzima apresentou Km 3,18 ± 100 mg/mL e o Kcat igual a

    4,53 S-1 e conseguiu produzir açúcares redutores 273 mg/mL em 24 horas em casca

    de arroz, mostrando-se viável para produção etanol de segunda geração. O

    presente trabalho concluiu que o fungo P. sanguineus é produtor de uma

    endoglucanase com caraterísticas bioquímicas importantes, de rápida produção e de

    baixo custo.


  • Mostrar Abstract
  • The growth of the world population increased investment in agribusiness and,

    consequently, increased the generation of agroindustrial residues, mostly

    lignocellulosic. Clean alternatives for the use of agro-industrial residues have been

    researched around the world, among them is the use of residues as a source for

    fungal growth for the production of enzymes of biotechnological interest. The

    objectives of this work were to produce, isolate, characterize and biotechnologically

    apply the endoglucanase produced from the filamentous fungus Pycnoporus

    sanguineus. Five different agro-industrial residues (wheat bran, sugarcane bagasse,

    wood powder, coconut fiber and filter paper) were used by solid state fermentation

    (FES). The enzyme was isolated through ethanol fractionation and ion exchange

    chromatography, the isolation was confirmed by (SDS-PAGE) in reducing and

    denaturing conditions. The isolated endoglucanase was characterized for

    temperature, pH, halotolerance, enzymatic kinetics and applied biotechnologically

    through the saccharification of agro-industrial residues. Endoglucanase production

    was higher in wheat bran (72 hs). The 80-100% fraction of the ethanol fractionation

    concentrated greater enzymatic activity and was subjected to ion exchange

    chromatography (DEAE-Sepharose), the isolated enzyme was eluted in a single

    fraction, as confirmed by SDS-PAGE. The optimal temperature of the isolated

    endoglucanase was 50°C and the thermal stability was between 20° and 60°C with

    up to 50% of the enzymatic activity, temperatures compatible with other fungal

    endoglucanases. The optimum pH was pH 5.0, with stability at pH between pH 4.5

    and 8.0, demonstrating stability at slightly alkaline pH compatible with

    biotechnological applications in the detergent industry. The isolated enzyme

    remained viable with activity greater than 100% in up to 5 M NaCl, an important

    characteristic because some industrial processes take place in the presence of large

    amounts of NaCl. The enzyme presented Km 3.18 ± 100 mg/mL and the Kcat equal

    to 4.53 S-1 and managed to produce 273 mg/mL reducing sugars in 24 hours in rice

    husks, proving to be viable for the production of second-generation ethanol . The

    present work concluded that the fungus P. sanguineus is a producer of an

    endoglucanase with important biochemical characteristics, fast production and low

    cost.

2021
Dissertações
1
  • SIBELLE LEITE ALDEMAN DE OLIVEIRA
  • Prospecção de metabólitos secundários produzidos por fungos marinhos com atividade antifúngica.

  • Orientador : MELISSA FONTES LANDELL
  • MEMBROS DA BANCA :
  • FRANCIS SOARES GOMES
  • JOAO XAVIER DE ARAUJO JUNIOR
  • LUCIANO APARECIDO MEIRELES GRILLO
  • MELISSA FONTES LANDELL
  • Data: 19/02/2021

  • Mostrar Resumo
  • O ambiente marinho tem se tornado promissor na busca por substâncias químicas com potencial biotecnológico, farmacêutico e agrícola. Estas substâncias complexas são produzidas muitas vezes por micro-organismos associados aos invertebrados marinhos (corais e esponjas), destacando-se os fungos filamentosos. Este grupo de micro-organismos tem mostrado potencial por possuírem rotas bioquímicas peculiares capazes de sintetizar metabólitos característicos ou específicos de uma espécie. Esses produtos naturais conferem propriedades antifúngicas, antimicrobianas, antioxidante, anti-inflamatória, antivirais, entre outros. Logo, o objetivo desse trabalho foi fazer uma revisão sistemática sobre fungos marinhos e metabólitos secundários com atividades biológicas e investigar o potencial biotecnológico de fungos filamentosos associados a invertebrados marinhos de Maceió/AL com atividade antifúngica contra agentes infecciosos. A revisão sistemática foi realizada através de buscas de palavras chave como “marine fungi”, “antifungal”, “secondary metabolite” e “natural products” nas bases de dados Pubmed e Science Direct, obtendo 19 artigos publicados entre os anos de 2015 e 2020 que descrevem 84 metabólitos produzidos fungos marinhos. O potencial biotecnológico foi verificado a partir da produção de extratos brutos de 16 fungos, coletados no recife de coral da Praia de Ponta Verde, Maceió-AL. Para a obtenção dos extratos fúngicos, os mesmos foram cultivados. Após cultivo de 7 dias em meio Ágar Batata Dextrose (BDA), seguido de um segundo cultivo de 14 dias em meio líquido composto por glicose 1%, extrato de levedura 0,1%, cloreto de potássio 0,1%, cloreto de sódio 0,1%, o sobrenadante e o micélio dos fungos foram extraídos com acetato de etila, gerando uma fração orgânica e aquosa. Posteriormente foram analisados através da técnica de Determinação da Concentração Inibitória Mínima (CIM) para analisar a sensibilidade dos micro-organismos aos antimicrobianos. Extratos brutos de dez fungos marinhos apresentaram atividade antifúngica contra a levedura Candida haemulonii, cinco contra Candida albicans, dois contra Cryptococcus gatti e 10 contra Cryptococcus neoformans. Dois dos extratos dos fungos ativos foram fracionados com metanol, acetonitrila e água e testados novamente pelo método CIM. Os fungos C. neoformans ATCC 40283 C. albicans ATCC 90028 foram inibidos por todas as frações testadas apresentando CIM entre 0,5-2 µ/mL, demonstrando que os compostos bioativos derivados de micro-organismos marinhos possuem potencial antimicrobiano e biotecnológico.


  • Mostrar Abstract
  • The marine environment has become promising in the search for chemical substances with biotechnological, pharmaceutical and agricultural potential. These complex substances are often produced by microorganisms associated with marine invertebrates (corals and sponges), especially filamentous fungi. This group of microorganisms has shown potential because they have peculiar biochemical routes capable of synthesizing characteristic or species-specific metabolites. These natural products provide antifungal, antimicrobial, antioxidant, anti-inflammatory, antiviral properties, among others. Therefore, the objective of this work was to make a systematic review on marine fungi and secondary metabolites with biological activities and to investigate the biotechnological potential of filamentous fungi associated with marine invertebrates in Maceió / AL with antifungal activity against infectious agents. The systematic review was carried out by searching for keywords such as “marine fungi”, “antifungal”, “secondary metabolite” and “natural products” in the Pubmed and Science Direct databases, obtaining 19 articles published between the years 2015 and 2020 that describe 84 metabolites produced by marine fungi. The biotechnological potential was verified from the production of crude extracts from 16 fungi, collected in the coral reef of Praia de Ponta Verde, Maceió-AL. To obtain the fungal extracts, they were grown. After cultivation of 7 days in Potato Dextrose Agar (BDA), followed by a second cultivation of 14 days in liquid medium composed of 1% glucose, 0.1% yeast extract, 0.1% potassium chloride, sodium chloride 0.1%, the fungi supernatant and mycelium were extracted with ethyl acetate, generating an organic and aqueous fraction. Subsequently, they were analyzed using the Minimum Inhibitory Concentration Determination (MIC) technique to analyze the sensitivity of microorganisms to antimicrobials. Crude extracts from ten marine fungi showed antifungal activity against the yeast Candida haemulonii, five against Candida albicans, two against Cryptococcus gatti and 10 against Cryptococcus neoformans. Two of the extracts of the active fungi were fractionated with methanol, acetonitrile and water and tested again by the CIM method. The fungi C. neoformans ATCC 40283 and C. albicans ATCC 90028 were inhibited by all tested fractions, presenting MIC between 0.5-2.0 µ/mL, demonstrating that the bioactive compounds derived from marine microorganisms have antimicrobial and biotechnological potential.

2020
Dissertações
1
  • LILIANE PATRICIA GONÇALVES TENÓRIO
  • AVALIAÇÃO DO POTENCIAL EFEITO DA MELATONINA EM MODELO IN VITRO DE CARCINOMA DE CÉLULAS ESCAMOSA ORAL E IDENTIFICAÇÃO DE MARCADORES MOLECULARES ASSOCIADOS ÀS CÉLULAS DE SCHWANN

  • Orientador : CARLOS ALBERTO DE CARVALHO FRAGA
  • MEMBROS DA BANCA :
  • AMANDA KARINE BARROS FERREIRA RODRIGUES
  • CARLOS ALBERTO DE CARVALHO FRAGA
  • CAROLINNE DE SALES MARQUES
  • LIVIA ANDRESSA SILVA DO CARMO
  • Data: 04/02/2020

  • Mostrar Resumo
  • O Carcinoma de células escamosa oral (CCEO) é uma doença comumente relacionada com alterações genéticas, epigenéticas e a fatores de risco, como o tabagismo crônico e alcoolismo, sendo responsável por mais de 90% de todas as neoplasias malignas orais. A relevância deste estudo fundamenta-se na identificação do papel do ritmo circadiano e da sinalização da melatonina e sua regulação como um potencial marcador no carcinoma epidermoide de boca. Ainda, analisamos, através das ferramentas de bioinformática, a associação do CCEO e as células de Schwann. Para o estudo in vitro, foram cultivadas, em cultura, uma linhagem de células imortalizadas uma de carcinoma epidermoide de boca (SCC- 9). As células foram separadamente tratadas com diferentes concentrações de melatonina, afim de identificar a concentração ideal. As análises de viabilidade celular foram realizadas através do teste do 3-(4,5- dimetiltiazol-2yl)-2,5-difenil brometo de tetrazolina (MTT). As células foram submetidas à estufa 37°C por 3 tempos distintos, a saber: 24 horas, 48 horas e 72 horas. O comportamento fenotípico das células, sob tratamento, foi avaliado por meio dos ensaios de proliferação, migração e apoptose. Todos os dados coletados foram digitalizados em um programa de estatística SPSS®, versão 21.0, para Windows. Os testes estatísticos foram selecionados de acordo com as características das amostras e a distribuição das variáveis. O nível de significância foi fixado em 5% (p<0,05). Os experimentos e análises foram realizados na Universidade Federal de Alagoas/Campus Arapiraca. Os resultados demonstraram que a melatonina inibiu a proliferação celular, bem como a migração das células neoplásicas da linhagem SCC-9. Para análise bioinformática foram utilizadas diferentes ferramentas para avaliar a expressão diferenciadas de genes associadas com a invasão perineural e o CCEO. Inicialmente foram obtidos dados de amostras de CCEO com e sem invasão perineural. A expressão dos genes dessas amostras foi comparada com o tecido normal, para a identificação dos genes aumentados e diminuídos. Posteriormente, esses dados foram contrastados com dados da expressão das células de Schwann previamente publicados pelo nosso grupo. Os genes com a expressão diminuída nas amostras de tecido neoplásico com invasão perineural estão associados a via “guia axonal”. Esse dado é de extrema relevância, uma vez que a diminuição da expressão desses genes podem ser alvos-chave no tratamento e prognostico do câncer de boca.


  • Mostrar Abstract
  • O Carcinoma de células escamosa oral (CCEO) é uma doença comumente relacionada com alterações genéticas, epigenéticas e a fatores de risco, como o tabagismo crônico e alcoolismo, sendo responsável por mais de 90% de todas as neoplasias malignas orais. A relevância deste estudo fundamenta-se na identificação do papel do ritmo circadiano e da sinalização da melatonina e sua regulação como um potencial marcador no carcinoma epidermoide de boca. Ainda, analisamos, através das ferramentas de bioinformática, a associação do CCEO e as células de Schwann. Para o estudo in vitro, foram cultivadas, em cultura, uma linhagem de células imortalizadas uma de carcinoma epidermoide de boca (SCC- 9). As células foram separadamente tratadas com diferentes concentrações de melatonina, afim de identificar a concentração ideal. As análises de viabilidade celular foram realizadas através do teste do 3-(4,5- dimetiltiazol-2yl)-2,5-difenil brometo de tetrazolina (MTT). As células foram submetidas à estufa 37°C por 3 tempos distintos, a saber: 24 horas, 48 horas e 72 horas. O comportamento fenotípico das células, sob tratamento, foi avaliado por meio dos ensaios de proliferação, migração e apoptose. Todos os dados coletados foram digitalizados em um programa de estatística SPSS®, versão 21.0, para Windows. Os testes estatísticos foram selecionados de acordo com as características das amostras e a distribuição das variáveis. O nível de significância foi fixado em 5% (p<0,05). Os experimentos e análises foram realizados na Universidade Federal de Alagoas/Campus Arapiraca. Os resultados demonstraram que a melatonina inibiu a proliferação celular, bem como a migração das células neoplásicas da linhagem SCC-9. Para análise bioinformática foram utilizadas diferentes ferramentas para avaliar a expressão diferenciadas de genes associadas com a invasão perineural e o CCEO. Inicialmente foram obtidos dados de amostras de CCEO com e sem invasão perineural. A expressão dos genes dessas amostras foi comparada com o tecido normal, para a identificação dos genes aumentados e diminuídos. Posteriormente, esses dados foram contrastados com dados da expressão das células de Schwann previamente publicados pelo nosso grupo. Os genes com a expressão diminuída nas amostras de tecido neoplásico com invasão perineural estão associados a via “guia axonal”. Esse dado é de extrema relevância, uma vez que a diminuição da expressão desses genes podem ser alvos-chave no tratamento e prognostico do câncer de boca.

2
  • STELLA FREITAS DE QUEIROZ
  • IDENTIFICAÇÃO, ISOLAMENTO E CARACTERIZAÇÃO PARCIAL DA LECTINA DE ENTRECASCAS DE Abarema cochliacarpos (GOMES) BARNEBY & GRIMES

    IDENTIFICAÇÃO, ISOLAMENTO E CARACTERIZAÇÃO PARCIAL DA LECTINA DE ENTRECASCAS DE Abarema cochliacarpos (GOMES) BARNEBY & GRIMES

     

  • Orientador : FRANCIS SOARES GOMES
  • MEMBROS DA BANCA :
  • EDMA CARVALHO DE MIRANDA
  • FRANCIS SOARES GOMES
  • JOSE MARIA RODRIGUES DA LUZ
  • Data: 17/03/2020

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  • Diversas plantas são utilizadas pelo homem para o uso terapêutico e propagadas ao longo das gerações. Atualmente há um crescimento em pesquisas buscando identificar e isolar substâncias ativas presentes nesses organismos visando a criação de novos fármacos. A produção dos princípios ativos desses organismos está relacionada ao seu mecanismo de defesa contra agentes externos. Essas substâncias são normalmente classificadas em metabólitos primários e secundários. As lectinas são proteínas do metabolismo primário que podem assumir diversos papéis biológicos, incluindo atividades antibacteriana, antifúngica, anti-inflamatória, antitumoral e cicatrizante. Essas atividades estão relacionadas à capacidade que as lectinas têm de se ligarem a carboidratos presentes na superfície celular de organismos alvos, impedindo o seu desenvolvimento e/ou induzindo uma resposta celular. Abarema cochliacarpos (Gomes) Barneby & Grimes, popularmente conhecida como barbatimão, é uma planta utilizada na medicina popular para tratar úlceras, feridas, infecções na pele, gastrite, dentre outras. Este estudo tem como objetivo investigar a presença de lectina em entrecascas de A. cochliacarpos e realizar a purificação e caracterização parciais da mesma. O extrato foi preparado e filtrado em carvão ativado na tentativa de remover compostos que não são de interesse. Uma alíquota desse filtrado foi aplicada em uma coluna cromatográfica de quitina e as proteínas de interesse foram eluídas com ácido acético 1 M. Em seguida, a amostra foi dialisada para remover a solução de eluição e sua atividade hemaglutinante foi avaliada (512). A partir daí denominou-se por AcBL (lectina de entrecascas de A. cochliacarpos). Não foi possível confirmar a purificação da lectina através de eletroforese SDS-PAGE em condições redutoras e não redutoras; o gel mostrou a presença de duas bandas proteicas nas duas condições. A dosagem de proteínas e de fenóis foi feita em todas as etapas da purificação, bem como foram realizados os testes de caracterização. AcBL foi inibida por caseína, apresentou termoestabilidade em ampla faixa de temperatura, demonstrou ser uma proteína com caráter ácido-neutro e teve sua atividade reduzida na presença de EDTA, íons cálcio e magnésio. O desenvolvimento deste trabalho contribui para o isolamento de novas proteínas, apresentando relevância regional ao investigar lectinas de uma planta medicinal do Nordeste brasileiro, podendo representar um novo biomaterial com elevado potencial biotecnológico.


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  • Diversas plantas são utilizadas pelo homem para o uso terapêutico e propagadas ao longo das gerações. Atualmente há um crescimento em pesquisas buscando identificar e isolar substâncias ativas presentes nesses organismos visando a criação de novos fármacos. A produção dos princípios ativos desses organismos está relacionada ao seu mecanismo de defesa contra agentes externos. Essas substâncias são normalmente classificadas em metabólitos primários e secundários. As lectinas são proteínas do metabolismo primário que podem assumir diversos papéis biológicos, incluindo atividades antibacteriana, antifúngica, anti-inflamatória, antitumoral e cicatrizante. Essas atividades estão relacionadas à capacidade que as lectinas têm de se ligarem a carboidratos presentes na superfície celular de organismos alvos, impedindo o seu desenvolvimento e/ou induzindo uma resposta celular. Abarema cochliacarpos (Gomes) Barneby & Grimes, popularmente conhecida como barbatimão, é uma planta utilizada na medicina popular para tratar úlceras, feridas, infecções na pele, gastrite, dentre outras. Este estudo tem como objetivo investigar a presença de lectina em entrecascas de A. cochliacarpos e realizar a purificação e caracterização parciais da mesma. O extrato foi preparado e filtrado em carvão ativado na tentativa de remover compostos que não são de interesse. Uma alíquota desse filtrado foi aplicada em uma coluna cromatográfica de quitina e as proteínas de interesse foram eluídas com ácido acético 1 M. Em seguida, a amostra foi dialisada para remover a solução de eluição e sua atividade hemaglutinante foi avaliada (512). A partir daí denominou-se por AcBL (lectina de entrecascas de A. cochliacarpos). Não foi possível confirmar a purificação da lectina através de eletroforese SDS-PAGE em condições redutoras e não redutoras; o gel mostrou a presença de duas bandas proteicas nas duas condições. A dosagem de proteínas e de fenóis foi feita em todas as etapas da purificação, bem como foram realizados os testes de caracterização. AcBL foi inibida por caseína, apresentou termoestabilidade em ampla faixa de temperatura, demonstrou ser uma proteína com caráter ácido-neutro e teve sua atividade reduzida na presença de EDTA, íons cálcio e magnésio. O desenvolvimento deste trabalho contribui para o isolamento de novas proteínas, apresentando relevância regional ao investigar lectinas de uma planta medicinal do Nordeste brasileiro, podendo representar um novo biomaterial com elevado potencial biotecnológico.

2019
Dissertações
1
  • GENILDA CASTRO DE OMENA NETA
  • ANÁLISE TRANSCRIPTÔMICA DE GENES DO SISTEMA IMUNE EM DIFERENTES SUBTIPOS DE CÂNCER DE MAMA

  • Orientador : CARLOS ALBERTO DE CARVALHO FRAGA
  • MEMBROS DA BANCA :
  • CARLOS ALBERTO DE CARVALHO FRAGA
  • CAROLINNE DE SALES MARQUES
  • LIVIA ANDRESSA SILVA DO CARMO
  • Data: 11/12/2019

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  • O Câncer de Mama (CM) é o tipo de câncer com maior incidência nas mulheres no Mundo. Ele apresenta três subtipos moleculares (Luminal A, Luminal B, HER2 e Triplo Negativo/Basal) e cada um deles têm prognósticos diferente e necessidade de intervenções que sejam eficientes no tratamento, consequentemente, aumentem a sobrevida dos pacientes. É possível estudar os subtipos clínicos para elucidar a diversidade fenotípica das células imunes no microambiente tumoral. Nesse sentido, a Bioinformática Translacional (BT) atua trazendo conhecimento biológico que pode ser aplicado na clínica a partir de dados genômicos, proteômicos, histológicos e clínicos de pacientes com CM. O objetivo deste trabalho é caracterizar o perfil imunológico nos subtipos moleculares de câncer de mama. A metodologia utilizada envolveu diversas ferramentas computacionais que envolveu a coleta dos dados em bancos de dados (Atlas Genômico do Câncer -TCGA, Entrez Gene do NCBI, GeneCards, Atlas Proteômico do Câncer -TCPA, Atlas de Proteínas Humanas, DAVID) e análises (diagrama de Venn, Enciclopédia de Genes e Genomas -KEGG, TCGAbiolinks, Recurso de Estimativa de Células Imunes do Tumor - TIMER, Predição de Dados Clínicos de Perfis Genômicos - PRECOG). Dentre as análises estatísticas foi utilizado o Software GraphPad Prism e o teste Two-Way ANOVA bidirecional e o teste t bicaudal não pareado. Através das análises das células imunes, genes e proteínas expressas no tecido tumoral de cada subtipo foi possível determinar qual o tipo de resposta imune. Nesse estudo, os genes superexpressos apresentam um forte indício de resposta Th1 para o subtipo basal, enquanto o Her2, luminal A e luminal B tem uma resposta Th2. Foi montado um mapa global de associações prognósticas para 22 populações imunes através da malignidade do CM. Comparando os marcadores dos fenótipos dos neutrófilos N1 e N2 foi encontrado cinco genes superexpressos de neutrófilos N2 no basal, um gene em Her2, Serpina 1 no luminal A e Cdk5r1 no luminal B. A regulação positiva dos genes Nos2 e a regulação negativa dos genes Serpina 1 foram associados a câncer de mama de baixa sobrevida. Com base na análise das células imunes e na expressão gênica de uma lista de neuropeptídeos/receptores, foi identificado um aumento de macrófago M1/M2 nos diferentes subtipos de câncer de mama, bem como a ativação via interação ligante-receptor neuroativo, respectivamente. No subtipo basal foi constatado a superexpressão de 33 neuropepetídeos e 31 receptores no tecido do câncer. Já no subtipo luminal apresentou 24 neuropepídeos e 21 receptores superexpressos. Com a análise da sobrevida foi observado que os genes superexpressos Npr3, Prok1, Serpina 11 e Pyy tiveram impacto na sobrevida. Portanto, a análises dos genes superexpressos demonstram que a reposta Th1 está relacionado com o subtipo de câncer basal e, HER2, luminal A e luminal B, à Th2. Também foi constatado que o subtipo basal apresenta no infiltrado do tecido tumoral, macrófagos M1 e neutrófilos N2 comparado com os outros subtipos e, há indícios que essa diferença está associada com a expressão gênica de neuropetídeos e receptores. Os genes superexpressos dos neuropeptídeos e receptores avaliados tiveram impacto na sobrevida dos paciente.


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  • O Câncer de Mama (CM) é o tipo de câncer com maior incidência nas mulheres no Mundo. Ele apresenta três subtipos moleculares (Luminal A, Luminal B, HER2 e Triplo Negativo/Basal) e cada um deles têm prognósticos diferente e necessidade de intervenções que sejam eficientes no tratamento, consequentemente, aumentem a sobrevida dos pacientes. É possível estudar os subtipos clínicos para elucidar a diversidade fenotípica das células imunes no microambiente tumoral. Nesse sentido, a Bioinformática Translacional (BT) atua trazendo conhecimento biológico que pode ser aplicado na clínica a partir de dados genômicos, proteômicos, histológicos e clínicos de pacientes com CM. O objetivo deste trabalho é caracterizar o perfil imunológico nos subtipos moleculares de câncer de mama. A metodologia utilizada envolveu diversas ferramentas computacionais que envolveu a coleta dos dados em bancos de dados (Atlas Genômico do Câncer -TCGA, Entrez Gene do NCBI, GeneCards, Atlas Proteômico do Câncer -TCPA, Atlas de Proteínas Humanas, DAVID) e análises (diagrama de Venn, Enciclopédia de Genes e Genomas -KEGG, TCGAbiolinks, Recurso de Estimativa de Células Imunes do Tumor - TIMER, Predição de Dados Clínicos de Perfis Genômicos - PRECOG). Dentre as análises estatísticas foi utilizado o Software GraphPad Prism e o teste Two-Way ANOVA bidirecional e o teste t bicaudal não pareado. Através das análises das células imunes, genes e proteínas expressas no tecido tumoral de cada subtipo foi possível determinar qual o tipo de resposta imune. Nesse estudo, os genes superexpressos apresentam um forte indício de resposta Th1 para o subtipo basal, enquanto o Her2, luminal A e luminal B tem uma resposta Th2. Foi montado um mapa global de associações prognósticas para 22 populações imunes através da malignidade do CM. Comparando os marcadores dos fenótipos dos neutrófilos N1 e N2 foi encontrado cinco genes superexpressos de neutrófilos N2 no basal, um gene em Her2, Serpina 1 no luminal A e Cdk5r1 no luminal B. A regulação positiva dos genes Nos2 e a regulação negativa dos genes Serpina 1 foram associados a câncer de mama de baixa sobrevida. Com base na análise das células imunes e na expressão gênica de uma lista de neuropeptídeos/receptores, foi identificado um aumento de macrófago M1/M2 nos diferentes subtipos de câncer de mama, bem como a ativação via interação ligante-receptor neuroativo, respectivamente. No subtipo basal foi constatado a superexpressão de 33 neuropepetídeos e 31 receptores no tecido do câncer. Já no subtipo luminal apresentou 24 neuropepídeos e 21 receptores superexpressos. Com a análise da sobrevida foi observado que os genes superexpressos Npr3, Prok1, Serpina 11 e Pyy tiveram impacto na sobrevida. Portanto, a análises dos genes superexpressos demonstram que a reposta Th1 está relacionado com o subtipo de câncer basal e, HER2, luminal A e luminal B, à Th2. Também foi constatado que o subtipo basal apresenta no infiltrado do tecido tumoral, macrófagos M1 e neutrófilos N2 comparado com os outros subtipos e, há indícios que essa diferença está associada com a expressão gênica de neuropetídeos e receptores. Os genes superexpressos dos neuropeptídeos e receptores avaliados tiveram impacto na sobrevida dos paciente.

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