Banca de QUALIFICAÇÃO: CATARINA ROSA E SILVA SANTOS

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : CATARINA ROSA E SILVA SANTOS
DATA : 30/06/2023
HORA: 09:00
LOCAL: googlemeet
TÍTULO:

Integração de dados de single cell RNA e transcriptoma espacial para investigação da
invasão perineural e do ritmo circadiano no adenorcarcinoma de pâncreas

PALAVRAS-CHAVES:

scRNA, pâncreas, spatial transcriptomics

PÁGINAS: 35
RESUMO:

A associação entre ritmo circadiano, invasão perineural e adenocarcinoma de pâncreas é um
tema de interesse crescente na pesquisa médica e científica.  O adenocarcinoma de pâncreas é
uma forma agressiva de câncer que se origina nas células produtoras de muco no pâncreas.
Essas células estão localizadas nos ductos pancreáticos e desempenham um papel importante
na digestão. A invasão perineural é um processo no qual as células cancerígenas penetram nos
nervos próximos ao pâncreas. Isso pode ocorrer quando as células neoplásicas se espalham
além do tumor primário, afetando estruturas nervosas adjacentes. Vários estudos têm
demonstrado que a disrupção do ritmo circadiano pode promover o crescimento tumoral, a
invasão perineural e a metástase em pacientes com adenocarcinoma de pâncreas. Acredita-se
que a desregulação dos genes envolvidos no ritmo circadiano, como o gene PER2, possa
contribuir para a progressão da doença. Além disso, mudanças nos padrões de sono, trabalho
noturno e exposição à luz artificial durante a noite têm sido associados a um maior risco de
desenvolver esse tipo de câncer. Dessa forma, o presente estudo tem como objetivo principal
entender a interação entre o ritmo circadiano e a invasão perineural no contexto do
adenocarcinoma de pâncreas. Para isso, serão utilizados dados de scRNA e transcriptoma
espacial para analisar as características moleculares e espaciais das células cancerígenas,
células nervosas e o ambiente circundante. Foi realizada uma revisão sistemática de estudos
de adenocarcinoma de pâncreas no banco de dados Gene Expression Omnibus (GEO-NCBI),
da qual, foram selecionados estudos de para identificar os processos inflamatórios associados
à lesão. Estes foram analisados através de um pipeline, desenvolvido em linguagem de
programação R, para padronizar o processamento de dados de expressão gênica de single cell
RNA sequencing e spatial transcriptome. O pipeline permite realizar o download dos dados
do GEO, análise do controle de qualidade, normalização, identificação e remoção de
potenciais outliers, sumarização dos dados de expressão gênica, anotação dos genes,
identificação das células presentes nas amostras, e análise de genes diferencialmente
expressos (DEGs). Os dados scRNA-seq processados e as tabelas de anotação foram baixados
do banco de dados GEO. O conjunto de dados consistia em 180000 células correspondentes a
24 pacientes. As amostras não tratadas foram especificadas e investigadas para eliminar
fatores desnecessários. Separadamente, as matrizes de contagem das células das amostras
selecionadas foram introduzidas no R (4.1.0) e analisadas para a composição celular,
interação célula-célula e transcriptoma espacial. Os dados foram analisados utilizando pacotes
específicos do R software, demonstrando que há padrões de expressão dos genes nas
diferentes amostras analisadas. Nossas observações expandem a noção ao identificar que os
processos proliferativos e inflamatórios coexistem como estados celulares principais opostos e
sugerem que o escape imunológico e a proliferação atuam como eventos combinados. O
presente estudo identifica tipos de células neoplásicas, estromais e imunes em diferentes tipos
de adenocarcinoma de pâncreas e apresenta hipóteses para entender a interação entre as
características intrínsecas das células tumorais e as características do ambiente do hospedeiro
na metástase humana.

MEMBROS DA BANCA:
Externo(a) ao Programa - 2363781 - AMANDA KARINE BARROS FERREIRA
Externo(a) à Instituição - BRUNA DEL VECHIO KOIKE
Presidente - 2269479 - CAROLINNE DE SALES MARQUES
Externo(a) ao Programa - 2390962 - JUSSARA ALMEIDA DE OLIVEIRA BAGGIO