Banca de DEFESA: MAYARA OLIVEIRA DE LIMA

Uma banca de DEFESA DE MESTRADO foi cadastrada pelo programa.

DISCENTE: MAYARA OLIVEIRA DE LIMA
DATA: 19/02/2020
HORA: 14:00
LOCAL: Sala de vídeo conferência da Embrapa
TÍTULO:

NANOPORE SEQUENCING NA DETERMINAÇÃO DA DIVERSIDADE DE BADNAVÍRUS QUE INFECTAM CANA-DE-AÇÚCAR PROVENIENTE DO BANCO DE GERMOPLASMA DA SERRA DO OURO, MURICI - AL

RESUMO:

O Brasil é o maior produtor e exportador de açúcar do mundo, para isso o banco de germoplasma do Programa de Melhoramento Genético da Cana-de-açúcar (PMGCA/CECA/UFAL) tem sido primordial para o desenvolvimento de dezenas de variedades que ocupam mais de 60% da área de cultivo do país. Em 2015, estudos mostraram a presença de diferentes espécies do gênero Badnavirus (família Caulimoviridae), incluindo Sugarcane bacilliform AL virus (SCBALV) e prováveis novas espécies, ocorrendo em genótipos de cana-de-açúcar provenientes deste banco de germoplasma, baseados na amplificação via PCR. No entanto, essa técnica não é capaz de distinguir sequências virais ocorrendo na forma endógena ou epissomal, assim, podendo não estar refletindo a real diversidade das populações de badnavírus ocorrendo na área. Análises utilizando o sequenciamento por Nanopore tem se tornado uma prática de rotina para detectar e estimar a diversidade espécies de vírus de planta. Portanto, o objetivo do presente estudo foi detectar e caracterizar espécies de badnavírus que ocorrem em genótipos de cana-de-açúcar do banco de germoplasma do PMGCA/CECA/UFAL por meio de sequenciamento por Nanopore. DNA total foi extraído a partir de amostras foliares de diferentes genótipos de cana-de-açúcar e usado como molde para amplificação via RCA. Para detectar apenas os badnavírus ocorrendo na forma epissomal na planta hospedeira, os produtos de RCA foram submetidos a PCR usando os primers universais para o gênero. Os produtos positivos para badnavírus foram sequenciados usando a plataforma MinION e, para confirmar a presença da infecção pela espécie viral identificada, foi realizada análises de sequências pareadas e filogenéticas, e amplificação, via PCR, utilizando primers espécie-específicos. A partir do Nanopore sequencing foi possível identificar a presença do Sugarcane bacilliform Guadaloupe A virus (SCBGAV).

PALAVRAS-CHAVE:

Caulimoviridae, MinIon, Saccharum spp.

PÁGINAS: 63
GRANDE ÁREA: Ciências Agrárias
ÁREA: Agronomia
SUBÁREA: Fitossanidade
ESPECIALIDADE: Fitopatologia

MEMBROS DA BANCA:
Externo(a) ao Programa - 2380775 - CICERO CARLOS DE SOUZA ALMEIDA
Interno(a) - 1369412 - GAUS SILVESTRE DE ANDRADE LIMA
Presidente - 2149632 - SARAH JACQUELINE CAVALCANTI DA SILVA